يحتوي الكتاب على مقدمة عن العلم في الإسلام ومقدمة في الإعجاز وخمسة فصول يتفرع منهم موضوعات متنوعة وشمل الفصل الأول فضل المعجزة القرآنية على المعجزة الحسية فالعلم هو الكشف عن الشيء لمعرفة حقيقته ومعرفته بالرؤية محال لانه يرى ولا يرى فهو ( لا تدركه الابصار وهو يدرك الابصار ) ومحال ايضا ان يكون له مثيل ولا شريك، وان كل نبي من الانبياء اوتي آية حسية كانت فاعلة معه ما دام حيا فلما مات الانبياء ماتت بموتهم المعجزات حتى جاء نبينا محمد صلى الله عليه وسلم بمعجزة القرآن الباقية بقاء الدهر ومات النبي صلى الله عليه وسلم وبقيت المعجزة سراجا منيرا وشاهدا ودليلا على خلود هذا الدين وهو الذي ارتضاه الله سبحانه وتعالى لعباده، فالمعجزات الحسية كانت قوية لمن رآها وشهدها ولكنها تبقى عرضه للشك العميق لمن سمعها جيلا بعد جيل وفي ثنايا صفحات هذا الكتاب إشارات ولفتات علمية حوت الكثير من الحقائق في مجال: خلق الإنسان، الفلك، الأرض، البحار، الحيوان، والطب. وأيضاً حقائق في شتى المعارف العلمية والتي سبقت العلوم الحديثة بأكثر من ألف وأربعمائة عام كما وفيه تناول لمواضيع الإعجاز التشريعي، الإعجاز الغيبي, الإعجاز العددي, الإعجاز التصويري, الإعجاز التاريخي وقد شارك في بيان ذلك ضمن هذه الموسوعة عشرات الأطباء المتخصصين بمجالاتٍ شتى, وعلماء متفننين هذا التوسع في عرض الموضوعات هو ما جعل من هذه الموسوعة أضخم موسوعة إسلامية في الإعجاز العلمي
الفصل الثاني بعنوان الاعجاز الغيبي والذي تناول شرح اعجاز القرآن الكريم في الغيب وما حدث عنه قبل حصوله ووقوعه بداية من غزوة بدروما ورد في الآيات الكريمة رقم (7) من سورة الانفال، ثم موت ابي لهب والوليد على الكفر واقرار القرآن انهم لم يسلموا ولن يسلموا فكان مصيرهم النار فمات كلاهما ولم يسلما، ثم حفظ النبي صلى الله عليه وسلم في سورة المائدة الآية (7) بقوله (والله يعصمك من الناس) أي انت رسالتي وانا حافظك وناصرك ومؤيدك على اعدائك، ثم الاعجاز الغيبي في فتح مكة بسورة الفتح الآية (37) وما رآه النبي صلى الله عليه وسلم في المنام انه دخل مكة وطاف بالبيت وقوله( لا تخافون) حال مؤكدة في المعنى فأثبت لهم الامن حال الدخول، ثم فتح القسطنطينية ، ثم الفتح والتمكين في الارض في سورة النور الآية رقم (55) بقوله ( وعد) بان وعد الله بأن سيجعل امته خلفاء الارض وليبدلنهم من بعد خوفهم من الناس امنا وحكما فيهم، موت النبي صلى الله عليه وسلم

الفصل الثالث بعنوان الاعجاز في التاريخ وفيه وردت ايات الله تعالى عن كارثة الطوفان في الاية (37) من سورة الفرقان وحددت الايات بشكل دقيق محتوى السفينة بتنفيذ نوح لامر الله، ثم الاعجاز التاريخي في ملك يوسف في الاية (43) والاعجاز التاريخي في أهل الكهف في الاية (18) من سورة الكهف بما جاء بوصف دقيق في الايات عن فجوة الكهف ومرور الشمس فتبين فتحة الكهف الجنوبيةجنوباً غربياً فاذا وقف شخص داخل الكهف في وقت الاصيل تزاورت الشمس عن الكهف ذات اليمين ، ثم اورد الاعجاز التاريخي في قصة فرعون في سورة يونس الايات(91-92) وقد عثر على جثة فرعون موسى( منبتاح) مدفونة بمقابر وادي الملوك ( بطيبة) على الضفة الغربية لنهر النيل وكان الاعجاز العلمي فى الجغرافية ان الجثة لم تأكلها الاسماك ولم تذهب منكرة مع التيارات والامواج ولم تستقر بالقاع مع العربات الملكية المغرقة ولم تدب فيها عوامل الفناء ولم تصيبها البكتريا التي اصابت بقية الجثث الفرعونية، والاعجاز في قصة انجيل برنابا
الفصل الرابع بعنوان فصل الإعجاز التشريعي في شريعة نبينا محمد صلى الله عليه وسلم وما ورد في ايات الله في سورة البقرة الاية رقم (173) عن تحريم الدم ولحم الخنزير فالتحليل العلمي اثبت انها تحتوي على حمض البوليك وهو مادة سامة تضر بالصحة فيظهر الاعجاز في تحريم الدم ولحم الخنزير في الاية الكريمة، وفي القصاص والربا
الفصل الخامس فصل الاعجاز العددي وما وضحته سورة المدثر ( لوحة للبشر عليها تسعة عشر) فتفسر الاية ان عدد من الملائكة يحتمل ان يكونو تسعة عشر فردا من هذه المخلوقات الكريمة او تسعة عشر صنفا او نوعاً او لا ندري وقد فصل القرآن حول هذا العدد في معنى الاية (31) التي تبين حكمة تخصيص العدد(19) والتي هي اطول اية فى القرآن نسبيا ومكونة من (19 x 3) من الكلمات وتنقسم الى (19x2) (19) ويساوي عدد كلماتها عدد كلمات اول (19) اية وتكون (19) ضعفاً لقوله تعالى ( عليها تسعة عشر ) ثم لماذا هي اخر اية في المصحف تتألف من العدد (19) او مضاعفاته فالعدد (19) هو العدد الوحيد في القرآن الكريم الذي يتخذ موضوعا يفصل الحديث فيه ثم ورود القسم بالقمر والارض والشمس على ان هذه القضية هي احدى الكبر ثم نجده عدة علاقات بين هذه الاجرام تقوم على اساس العدد (19) فالاية (31) اكثر وضوحاً واعظم اعجازا وتجلت حقائق هذا العدد وتوارثت ليدرك الجميع ان تفاهات البها\يين وتردد الطيبين لن يغني من الحق شيئاً.

نقد محتوى الكتاب
في الفصل الاول : فضل المعجزة القرآنية على المعجزة الحسية استخدم الباحث الاسلوب التحليلي لوصف القرآن الكريم وقد احسن وابدع الوصف فالقرآن يوصل رسالته إلى القارئ والسامع باستخدام أنماط ووسائل أدبية مختلفة فعلى سبيل المثال تتم قراءة القرآن باستخدام أنماط صوتية تختلف عن تلك المُستخدمة عند قراءة الشعر أو النثر، الأمر الذي يُساعد على حفظها في ذهن السامع وسهولة تذكره لها ، أن أسلوب النص القرآني الأصلي المُنزّل بالعربية لا يمكن مضاهاته بأي لغة ثانية أو حتى بالعربية نفسها ففيه إحكام للكلام، أي إتقانه وتمييز الصدق فيه من الكذب، فالقرآن كله محكم، بمعنى أنه متقن غاية الإتقان ان للنص القرآني معنى واحد مباشر واضح ودقيق يصل إليه ببساطة دون اجتهاد ولا إعمال عقل، وكأن النص يحمل رسالة واضحة مباشرة صريحة مثل القاعدة العلمية أو اللغة الجبرية، فقد احسن استخدام اسلوبه من التحليل والتفسير.

في الفصل الثاني الاعجاز الغيبي تناول شرح اعجاز القرآن الكريم في الغيب وما حدث عنه قبل حصوله ووقوعه ، فقد ابدع الكاتب في عرض الايات القرآنية الدالة على اعجاز الغيب

في الفصل الثالث الاعجاز في التاريخ فقد يعيب على الكاتب استخدامة فقد استخدم الكاتب اسلوب التحليل الوصفي التاريخي ولكنه لم يعتمد على مرجع علمي يمكن اللجوء الية فإنجيل برنابا كأعجاز في القرآن الكريم والسنة من معجزات فقد اعتبر إنجيل برنابا كتاب حول حياة يسوع، وافترض ان كاتبه برنابا أحد رسل المسيح، ان إنجيل برنابا لم تعترف فيه الكنيسة المسيحية كما ان إنجيل برنابا على أخطاء كثيرة وتبلغ عددها فوق 50 أخطاء علمية وجغرافية وتاريخية ودينية واجتماعية وان هناك خطأ تاريخي في ذكر قصة الصلب حيث يذكُر أنّ "يهوذا الإسخريوطي" عندما أخذوه للصَّلْب بَدَلَ المسيح (بحسب ادِّعائه) وضعوا عليه رِداءً أبيض والواقع أنّ الرِّداء الأبيض كان علامة الحُزن على الموتى في الأندلس (أي في أسبانيا حتّى القرن 15) وهذا يناقض مُؤلِّف الكتاب في الاعجاز التاريخي لإنجيل برنابا والمحتمل انه قد عاش في أسبانيا وليس في فلسطين، وأنّه لَم يكُن موجوداً في زمن المسيح، بل في القرن 15 الميلادي، كما يوجد به الاختلافات مع القرآن حيث يقول إنجيل برنابا أن المسيح هو محمد بينما القرآن يشير أن المسيح هو عيسى بن مريم فيسورة آل عمران الآية(45) فنسبة الإنجيل إلى برنابا لا يوافق عليها القران، ﴿وَقَفَّيْنَا عَلَى آثَارِهِم بِعَيسَى ابْنِ مَرْيَمَ مُصَدِّقًا لِّمَا بَيْنَ يَدَيْهِ مِنَ التَّوْرَاةِ وَآتَيْنَاهُ الإِنجِيلَ فِيهِ هُدًى وَنُورٌ وَمُصَدِّقًا لِّمَا بَيْنَ يَدَيْهِ مِنَ التَّوْرَاةِ وَهُدًى وَمَوْعِظَةً لِّلْمُتَّقِينَ(46) وَلْيَحْكُمْ أَهْلُ الإِنجِيلِ بِمَا أَنزَلَ اللّهُ فِيهِ وَمَن لَّمْ يَحْكُم بِمَا أَنزَلَ اللّهُ فَأُوْلَـئِكَ هُمُ الْفَاسِقُونَ(47) من سورة المائدة