أصدر الشيخ خليفة بن زايد آل نهيان رئيس دولة الإمارات مرسوما بالتصديق على اتفاقية مقر بين حكومة الإمارات، والأمانة العامة لمجلس التعاون لدول الخليج العربية، بشأن إنشاء مقر جهاز الشرطة الخليجية، وقد نشر المرسوم في العدد الأخير من الجريدة الرسمية الاتحادية.
ونصت الاتفاقية على أن الغرض منها يكمن في عدم الإخلال بالقوانين والأنظمة المطبقة في دولة الإمارات، وتحديد المهام التي يضطلع بها الجهاز من خلال الامتيازات والحصانات المبينة في هذه الاتفاقية بصفة خاصة وموادها بصفة عامة.
وجاء فيها "تلتزم الحكومة الإماراتية بأن يكون مقر الجهاز على أراضيها، وتحديداً في إمارة أبوظبي، وأن تمنح الحكومة مقراً للجهاز وفقاً للإجراءات والآليات المعمول بها من قبل حكومة دولة الإمارات، على أن تتوفر في المقر كل الخدمات المتطلبة لأداء مهام الجهاز وتحقيق أهدافه، إضافة إلى تأمين المرافق والخدمات العامة اللازمة للمقر بنفس العناية المقررة للمصالح الحكومية، في مجالات التشغيل والصيانة والرسوم المقررة داخل الإمارات".
كما أكدت الاتفاقية على حصانة الجهاز حيث إن مبنى مقره له حرمة مصونة، ولا يجوز لأي موظف، أو شخص يتولى أية سلطة عامة، دخوله لمباشرة مهمة تتعلق بوظيفته إلا بإذن خطي وصريح من المدير، وبالشروط التي يوافق عليها، وفي حالة الضرورة لابد من توافر الأسباب الجدية لدخول المقر، كما تتخذ الحكومة الإماراتية الوسائل اللازمة كافة لحماية المبنى، ومنع اقتحامه، أو الإضرار به مادياً، أو الإخلال بأمنه، أو الحط من كرامته، بشرط ألا تستعمل مباني الجهاز في أغراض تتنافى مع صلاحياته وأهدافه، وتتمتع محفوظات ووثائق الجهاز بحرمة مصونة بصفة عامة، كما يحق للجهاز أن يرفع شعاره، وأعلام دول مجلس التعاون، ولا يجوز استخدام الجهاز كملجأ يؤوي أي شخص، أو استخدامه في أي أغراض تتنافى مع تشريعات دولة الإمارات.
